Ο ποδοσφαιρικός Γ.Σ Ηλιούπολης διαθέτει σύγχρονες ακαδημίες ποδοσφαίρου, οι οποίες έχουν μυήσει στη μαγεία του αθλήματος πολλές γενιές νέων Ηλιουπολιτών-και όχι μόνο.

Τον Δεκέμβριο του 2018, η νέα διοίκηση της ομάδας ανέλαβε την αναδιοργάνωση και τον εκσυγχρονισμό των ακαδημιών του ΓΣΗ, με στόχο την βελτιστοποίηση των παρεχόμενων υπηρεσιών προς τα παιδιά και τους γονείς και την δημιουργία μιας νέας γενιάς ποδοσφαιριστών, από τα σπλάχνα της πόλης, που θα ανδρώσουν το επαγγελματικό τμήμα της ομάδας.

Oι προπονήσεις διεξάγονται υπό την εποπτεία των πλέον πεπειραμένων και εξιδεικευμένων προπονητών, οι οποίοι έχουν μακρόχρονη εμπειρία στην προπονητική και τη διαχείριση νέων ταλέντων.